In de 11e eeuw werd hier in Bedum een houten kapel gebouwd ter ere van de heilige Walfridus. Deze lokale boer leefde rond het jaar 1000 en werd volgens overlevering door Noormannen vermoord vanwege zijn christelijke geloof. De houten kapel groeide uit tot bedevaartsoord en werd na verloop van tijd vervangen door een kerk van steen.

Het oudste deel van de huidige kerk is de scheve toren uit de 12^e eeuw. De toren is gebouwd in romaanse stijl met vulkanisch tufsteen uit het Duitse Eifelgebergte. Deze toren staat schever dan de beroemde Toren van Pisa, met een hellingshoek van 4,18 graden!

Aan het einde van de 15e en het begin van de 16e eeuw werd de kerk uitgebreid tot een gotische hallenkerk. Na de Reformatie verloor de kerk haar functie als bedevaartsoord. De kerk raakte in verval en werd deels gesloopt. In het plantsoen naast de kerk is met stenen aangegeven waar het hoogkoor heeft gestaan.

Tegenwoordig wordt de Walfriduskerk beschouwd als een belangrijk monument in de provincie Groningen, mede dankzij de unieke combinatie van romaanse en gotische bouwstijlen en haar bijzondere geschiedenis.