Op de plek van de huidige Sint-Elooikerk schuilt een geschiedenis van bijna 2000 jaar. De monumentale kerk van de hervormde gemeente werd tijdens het bombardement van 6 oktober 1944 volledig verwoest. Archeologisch onderzoek toont aan dat deze locatie al in de Romeinse tijd een religieuze functie had, met onder meer een Mithrastempel en later verschillende kerkgebouwen.

De geschiedenis van deze plek is vergelijkbaar met Basiliek van San Clemente, waar meerdere historische lagen onder elkaar bewaard zijn gebleven, waaronder een heiligdom voor de god Mithras. In Oostburg zijn die lagen niet zichtbaar, omdat de bodem en bouwtechniek dit niet toelaten. Toch laat deze plek zien hoe door de eeuwen heen steeds opnieuw heiligdommen werden gebouwd op dezelfde bijzondere locatie.