De huidige Rijnenburgermolen gaat terug tot het jaar 1722 wat te zien is op de baard van de molen. De voorganger die in 1663 gebouwd werd naar het voorbeeld van de oudere molen ‘Blauwe Wip’ brandde toen af. De molen prijkte toen nog in een veel weidser polderlandschap dan heden. Vandaag de dag is de bebouwing tot dicht tegen de molen opgerukt en schuurt de Rijnenburgermolen aan tegen de wijk Rhynenburch. Als de blauwe wimpel aan een van de wieken prijkt, is de molen opengesteld voor bezoekers.
De Rijnenburgermolen is van het type ‘grondzeiler’ omdat de wieken bijna de grond raken. De totale spanwijdte van de tegenover elkaar staande wieken bedraagt ruim 24 meter. De robuuste bouw kwam goed uit voor het polderbestuur omdat de molen na 1744 behalve de Rijnenburgerpolder ook het naastgelegen Smakkerspoldertje moest leegmalen. Tot die tijd was er nog een tweede, kleine Rijnenburgermolen die in dat jaar in onbruik raakte door een storm. Lang heeft de molenaar met zijn gezin in de molen gewoond, totdat het molenaarshuisje werd gebouwd in 1931. Heden is dit huisje te huur als vakantiewoning.
In 1950 bleek dat de Rijnenburgermolen niet meer in staat was om de waterhuishouding in de polder te beheersen. De restauratie die in dat jaar een aanvang nam sleepte zich lang voort tot 1960. In 1964 werd de toenmalige gemeente Hazerswoude eigenaar van de molen. Door de komst van een elektrisch vijzelgemaal in de nabijheid van de molen, verloor de Rijnenburgermolen zijn functie.
Op 16 december 2013 werden de molen en het molenaarshuisje overgedragen aan de Stichting Rijnenburgermolen Hazerswoude. In het stichtingsbestuur zit nog een dochter van de vroegere molenaar Rademaker.
