Het Universiteitsmuseum is gevestigd in de gebouwen van het voormalige Botanisch Laboratorium (1902-1920). Het huidige ontwerp, met de kersenhouten binnenbouw gezet achter een glazen gevel waardoor de achterliggende hortus vanaf de straat zichtbaar is, is van de hand van Koen van Velzen (1997). Recent is het ook het Universiteitsmuseum UMU vernieuwd en heropend. Aan de achterzijde bevindt zich de Oude Hortus, de oude botanische tuin van de Universiteit Utrecht, die hier in 1723 werd ingericht. In de Hortus staan, naast enkele bijzondere bomen en planten, ook de Oranjerie (1726) en het Zaadhuis (1768 – nu museumcafé).

Tijdens de Tweede Wereldoorlog zaten er mensen ondergedoken in de Oude Hortus, zoals bijvoorbeeld op de zolder van de Oranjerie. Al die onderduikers, soms wel 20 tegelijk, moesten kunnen leven. Daar kwam bij dat in 1943 vele dingen op de bon gingen. Er werd gezorgd voor voedsel en geld voor de onderduikers. Bananen uit de kassen werden opgeofferd aan deze voedselvoorziening. Maar de kassen en ook de andere planten en bomen in de Hortus werden hier niet aan opgeofferd. Hooguit een klein hoekje in de tuin werd gebruikt voor het verbouwen van voedselgewassen. De medewerkers van de Oude Hortus bleven streven naar het behoud van de plantencollecties, ondanks het grote gebrek aan brandstof. Het beetje brandstof dat er nog was, werd gebruikt om de kassen te verwarmen.