Het oorspronkelijke gebouw van de Nicolaaskerk dateert uit 1605. Onder dominee Fransz Esausz den Heussen is de kerk in 1647 uitgebreid met een noordelijke en zuidelijke beuk. In zijn tijd zijn tevens de drie lichtkronen aan de kerk geschonken. Een daarvan is afkomstig van de Zweedse koning, de ander zeer waarschijnlijk van Michiel Adriaenszoon de Ruyter, die de kroon op zijn beurt kreeg van de Deense koning als dank voor zijn beslissende aandeel bij de slag om de Sont die plaatsvond tussen Denemarken Zweden. In 1655 zijn opnieuw banken geplaatst, nu voor de leden van de Vroetschap. Het orgel is in 1898 in de kerk geplaatst. Zeer bijzonder zijn de zes onderkaakhelften van de Groenlandse walvis. Deze kaken stonden oorspronkelijk op het kerkhof, maar zijn uit behoudsoverwegingen naar de kerk verplaatst. Ze zijn een symbool van het aandeel dat Vlieland had in de walvisvaart.