In het jaar 1846 werd aan de Radsweg, in een toen nog vrijwel leeg landschap, een bakstenen kerkje gebouwd. Dit nieuwe, Nederlands-hervormde kerkje kreeg de toepasselijke naam ’t Nijkerkje. De bouw was mogelijk gemaakt dankzij een speciale landelijke subsidie. Architecten van Rijkswaterstaat hielden toezicht op de bouw van deze gesubsidieerde kerken, die daarom waterstaatskerken werden genoemd. In 1874 kreeg de kerk een pijporgel van de beroemde orgelbouwers Petrus van Oeckelen & Zonen uit Glimmen. Dit orgel werkt nog altijd.

’t Nijkerkje stond tussen de dorpen Roodeschool en Oudeschip in. Hierdoor konden ook de bewoners van de Oostpolder, die in 1840 was drooggelegd, de kerk makkelijk bereiken. Rond 1850 ontstond naast de kerk langzaamaan een dorp, dat de naam Oosteinde kreeg. De grond voor de huizen in het dorp werd gehuurd van de kerk.

In 1913 werd de kerk verbouwd en vergroot. Het interieur kreeg een moderne indeling, met een podium als middelpunt voor de kerkdienst. Ook werd er een aparte ruimte gebouwd voor de kerkenraad en een lokaal voor catechisatie. De oorspronkelijke pastorie werd in 1963 vervangen door een moderner gebouw.

De kerk werd tot 2010 gebruikt door de Nederlands-hervormde Gemeente. Sinds 2012 wordt de kerk beheerd door de Stichting Behoud ’t Nijkerkje.