Een kerk met een veelbewogen geschiedenis. Het was oorspronkelijk een vrij eenvoudige kerk, die tot het einde van de vijftiende eeuw geregeld is uitgebreid en verfraaid. In 1489 kreeg Anthonis Keldermans opdracht een nieuw kerkgebouw te ontwerpen. Een bewijs van de economische welvaart van de stad en het optimisme van die tijd. Hoe het ontwerp van de nieuwe kerk eruit heeft gezien is niet meer na te gaan. Vermoedelijk was het de bedoeling een geheel nieuwe kerk te bouwen. Pas in 1504 is men begonnen met het realiseren van de plannen, daartoe diende de straalkapellen van de kooromgang afgebroken te worden, waarna een nieuw dwarsschip met koor werd aangebouwd.

Door de economische neergang van de stad kon men dit echter niet meer opbrengen. Deze nam dermate vormen aan, dat men in 1539 genoodzaakt was een nieuw, goedkoper, plan aan te nemen. Ook dat heeft niet mogen helpen, want omstreeks 1545 heeft men het dak op de nieuwe dwarsschip en koor gezet en afgezien van de verdere uitvoering van de oorspronkelijke plannen. De kerk is tot 1747 in deze vorm in gebruik geweest. Tijdens de val van de vesting werd hij grotendeels verwoest. De brand van 1972 was een enorme klap, maar desondanks werd de restauratie in 1986 voltooid. De kerk kwam toen weer voor de rooms-katholieke eredienst ter beschikking.

In de kerk is de foto-expositie van fotoclub NADIR,  ook treden er op zaterdag en zondag zangkoren op.

Ook is op beperkte schaal Torenkamer Gradatus te bezoeken, waar o.a. uitleg over het project van Snellius die Nederland heeft opgemeten mede vanuit de Peperbus.

De Sint Gertrudiskerk is tijdens open monumentendagen gratis te bezoeken, zaterdag  tussen 10 en 17 uur, en zondag van 11 tot 17 uur.

Ingang aan de marktzijde. De toegang is gratis.