Een voormalige smederij in De Cocksdorp diende vanaf 1842 als eerste rooms-katholieke kerk van dat dorp. Toename van het inwonertal in polder Eijerland maakte een grotere kerk noozakelijk. De Amsterdamse architect IJ. Bijvoets maakte het ontwerp hiervoor, aannemer Leendert van der Ploeg uit Zierikzee bouwde. De nieuwe kerk werd in 1877 ingewijd. De motor achter de inpoldering van Eijerland, de Vlaams-Rotterdamse zakenman N.J. de Cock, droeg financieel bij aan de bouw van deze kerk. Zijn echtgenote heette Francisca. Dat gaf de doorslag bij de keuze voor wijding aan de H. Francisca Romana.

Het gebouw is een neoromaans zaalkerkje met half ingebouwde toren. Tijdens de Georgische opstand  richtten Duitse granaten op 8 april 1945 zware schade toe aan kerk en interieur.

In de communiebank zijn voorstellingen verwerkt: links de ‘Tafel der Paaschbroden’, rechts de ‘Arke des Verbonds’ en in het midden de ‘Kelk met de hostie tussen de hoornen van overvloed’, versierd met lofwerk en omgeven door lambrequinmotieven. De communiebank werd rond 1700 vervaaardigd, ergens in de Nederlanden. De preekstoel is Vlaams werk van omstreeks 1750. Op het linker paneel God de Vader met wereldbol in de hand, in medaillon, omlijst door een slang. Het rechter paneel stelt Margaretha met draak voor. Waarschijnlijk bemiddelde de uit Vlaanderen afkomstige De Cock bij de aanschaf van beide.

Het orgel

Pieter van Assendelft en zijn zoon Johannis bouwden het orgel in 1761 voor de r.-k. kerk nabij Obdam. In 1893 verplaatste Lodewijk Ypma het naar de kerk van De Cocksdorp. De oorlogsschade werd in augustus 1949 hersteld door Vermeulen orgelbouw in Alkmaar.
J.C. van Rossum, clavecimbel- en orgelbouwer te Wijk en Aalburg restaureerde het in 2013. Toen kreeg het weer zijn oorspronkelijke imitatie mahonie kleur.

Rijksmonument
Het orgel, de communiebank en de preekstoel zijn rijksmonument.