Fort Hoofddijk werd tussen 1877 en 1879 gebouwd als onderdeel van de tweede fortenring van de Nieuwe Hollandse Waterlinie. Het fort diende ter bescherming van de Hoofddijk, een doorgang (acces) die midden door het inundatiegebied liep. Het complex bestaat uit een bomvrije kazerne en drie remises, die momenteel niet toegankelijk zijn. Aan het einde van de negentiende eeuw maakte Fort Hoofddijk deel uit van het verdedigingssysteem dat Nederland moest beschermen tegen binnenvallende buurlanden.

Met de komst van vliegtuigen verloor de waterlinie tijdens de Tweede Wereldoorlog echter haar militaire betekenis en kwam het fort leeg te staan. Sinds 1963 heeft het fort een nieuwe functie gekregen: tegenwoordig huizen er geen soldaten meer, maar wetenschappers die onderzoek doen naar het aardmagnetisch veld. Op en rond Fort Hoofddijk bevinden zich namelijk de Botanische Tuinen van de Universiteit Utrecht, met onder meer een rotstuin, kassen en een grote collectie planten uit de hele wereld.

Let op: Het Fort is alleen te bezoeken tijdens een rondleiding. De rondleidingen van ongeveer een uur beginnen om 11:00, 13:30 en 15:00 uur en zijn elk geschikt voor maximaal 15 deelnemers. Vooraf aanmelden is niet mogelijk.