Vanaf de Middeleeuwen heeft er op deze plek altijd een kerk gestaan. Hoe de oudste kerk eruit heeft gezien weten we niet. De kerk die erna kwam, kreeg het zwaar te verduren. In de Tachtigjarige oorlog kwamen katholieken en protestanten tegenover elkaar te staan. De protestantse prins Maurits won de strijd. Hij verbood het de katholieken om hun geloof in het openbaar te belijden. De katholieken moesten hun kerken afstaan aan de protestanten. In 1637 betrokken de protestantse Beuningenaren de RK kerk. Ze waren slechts met een handjevol en hadden het geld niet om de kerk goed te onderhouden. De kerk raakte in verval en het hele middenschip verdween. Pas toen in 1795 de Fransen hier de baas werden, werd het verbod op het houden van katholieke missen opgeheven en kregen de katholieken hun kerken terug. Ze probeerden hem provisorisch te herstellen. Toen in 1845 de kerk dreigde in te storten, werd er een nieuwe kerk tegen de Middeleeuwse toren aan gebouwd. Deze werd bekostigd door het ministerie van Waterstaat  en werd  daarom een waterstaatskerk genoemd. Hij is net als zijn voorganger driebeukig. Er werd ook een nieuwe patroonheilige gekozen: de H. Cornelius, die in de plaats kwam van de H.H. Cosmas en Damianus, die tot dan als patroonheiligen voor de parochiekerk van Beuningen fungeerden. Deze waterstaatskerk werd aan het eind van de negentiende eeuw te klein. In 1901 verving de parochie hem daarom voor de huidige neogotische kerk. Deze werd gebouwd door architect C. Franssen.