Op de plaats van de moord op Bonifatius werd al snel een terp opgeworpen waarop een houten kerkje verrees. Van dit kerkje is geen spoor overgebleven, maar sindsdien heeft op deze plaats wel altijd een kerk gestaan. De “cleyne” Sint Martinuskerk van Dokkum werd pas “groot” genoemd na de afbraak van de ernaast gelegen grote Abdijkerk. Alleen de hoge Abdijtoren bleef staan, totdat men in 1832 besloot ook deze af te breken.

De nieuw ontstane Grote kerk heeft zijn vorm grotendeels in de 16e eeuw gekregen. De kerk is nadien regelmatig vernieuwd. In 1767 werd, omdat de kerk te weinig zitplaatsen had, er boven de noordbeuk een gallerij gebouwd. In de 19e eeuw werden de stenen gewelven boven het koor weggebroken en kreeg de kerk het huidige rechte, houten plafond met balken.

Wat betreft het interieur betreft verdienen vooral de orgelkast, de preekstoel en doophek met fraaie lezenaar speciale aandacht. In de jaren 1964-1968 is de Grote Kerk grondig gerestaureerd. De “meidenklok” of “poortklok” luidt als eeuwen her nog elke avond net voor tienen.