De Bethelkerk is het oudste kerkgebouw van de Gereformeerde Kerk van Urk (PKN). Het eerste kerkgebouw op deze plaats dateert van 1851. Het was een klein gebouw op de plaats, waar nu in de Bethelkerk het trouwhek en de ouderlingen- en diakenbanken zijn. In 1867 werd het kerkje vergroot. In 1885 werd het oudste gedeelte van 1851 afgebroken en vervangen door de “grote bak”, die er nu nog staat. Het gedeelte van 1867 bleef gespaard en is nog steeds in gebruik als consistorie en vergaderruimten. In 1910 vond een verbouwing plaats, die bestond uit het gedeeltelijk afbreken van de oude consistorieruimten en het maken van een orgelgalerij, schoollokaal, kerkenraadskamer en vergaderzaal. Architect was Tjeerd Kuipers te Amsterdam.

Oorspronkelijk werd de kerk nog geen “Bethelkerk” genoemd. In het begin sprak men over “de kark” en later “de geriffermaarde kark”. Als de Gereformeerde Kerk in 1947 een tweede kerkgebouw in gebruik neemt (Patrimonium) en dit houten gebouw de naam “Noorderkerk” krijgt, wordt de Bethelkerk “Zuiderkerk” genoemd. Als de Noorderkerk in 1955 wordt vervangen door de nieuw gebouwde Petrakerk, krijgt de Bethelkerk zijn huidige naam.
De Bethelkerk, die 1.100 zitplaatsen telt, is in 1951 en 1981 gerestaureerd. De restauratie van het Meere-orgel dat al meer dan 200 jaar oud is, is in het voorjaar van 2013 afgerond.