De voormalie Brugkerk is het oudste monument van het dorp Koudekerk en de oudste kerk van de huidige gemeente Alphen aan den Rijn. Omstreeks de tiende eeuw na Christus werd er voor het eerst een kerkje gesticht achter de huidige kerk die uiteindelijk in de koude (verlaten) is gelaten. Het eerste bewijs voor het bestaan van de huidige kerk gaat terug tot het begin van de veertiende eeuw. De weduwe van Dirk van Poelgeest schonk in 1305 haar jaarlijkse gift van drie pond aan de kerk van Koudekerk. De familie van Poelgeest drukte generaties lang hun stempel op het dorpsleven en woonden in het nabijgelegen kasteel Groot Poelgeest.

De kerk was in de Middeleeuwen gewijd aan Sint-Nikolaas. De aangebouwde kapel is het resultaat van een boetedoening voor moord. De moordenaars van Aleida van Poelgeest, maîtresse van hertog Albrecht van Beieren bouwden de kapel als boetedoening. Gedurende de tweede helft van de vijftiende eeuw werden ook het transept en het vieringtorentje op de kruising van het schip en het transept gebouwd. De gotische bouwstijl van de kerk kenmerkt zich door grote, hoge, spits toelopende, gebrandschilderde ramen. Om voldoende licht binnen te krijgen zijn deze ramen geplaatst in gemetselde topgeveltjes. De kerk heeft een driebeukig schip en een smal transept.

De kerk heeft een lange bouwgeschiedenis met noodzakelijke, bouwkundige aanpassingen als gevolg. Tijdens de restauratie van 1936-37 zijn de constructieve funderingsproblemen opgelost. De in Oudshoorn geboren architect Herman van der Kloot Meijburg (1875-1961) herstelde in die jaren de dakconstructie. In recenter jaren is de buitengevel gerenoveerd (2010) en volgde een algehele restauratie in 2023. Haar huidige naam (Brugkerk) stamt ook uit deze jaren: sinds 4 september 2011. In de kerk is een Van den Haspel-orgel aanwezig (1895). Wie de kerk binnengaat wordt getrakteerd op tal van historische interieurstukken. Opvallend is het rouwbord uit het begin van de achttiende eeuw van Alida van der Wou (1685-1717). In het wapen is het oude, adellijke geslacht Ripperda herkenbaar (zwart veld en ridder te paard). De houten preekstoel is gemaakt in 1766. Het geld werd voor de helft opgebracht door de kerkenraad en de andere helft door de ambachtsheer van het dorp. Zowel het exterieur als het interieur laten dus een verwevenheid zien van het dorps- en religieus leven en de edele geslachten die in Koudekerk hebben gewoond.

Er bevindt zich een Van den Haspel-orgel uit 1895.