Het Ceciliaconvent nam onder de vrouwenkloosters in Hoorn in een aantal opzichten een bijzondere plaats in. In 1429 beschikten de 55 zusters als eersten over een eigen houten kapel. Het convent werd als enige van alle conventen in Hoorn een écht klooster, wat inhield dat de zusters het klooster niet mochten verlaten en vreemden niet naar binnen mochten. Deze strikte scheiding tussen zusters en burgers wordt ook wel ‘clausuur’ genoemd. Clausuur was een monastiek ideaal dat tevens statusverhogend werkte.
Vanaf 1450 begonnen de Ceciliazusters hun houten kapel in steen op te trekken. De grondvorm bestaat uit een gotische, bakstenen zaalkerk zonder steunberen. Uitwendig meet de kapel ongeveer 28 x 10 meter. Dendrochronologisch onderzoek van de balken in de kapel leverde een datering op van ca. 1485-1495. De kap is inwendig nog geheel intact, met gesneden rozetten onder de nokbalk en gesneden peerkralen aan de sleutelstukken van de trekbalken. Het priesterkoor aan de oostzijde is afgesloten door een driezijdige koorafsluiting. De beide lange gevels zijn opgedeeld in zeven balkentraveeën. Elke travee bevatte een spitsboogvenster.
Ter plaatse van de drie meest westelijke traveeën bevindt zich een nonnengalerij over de hele breedte van de kapel. De zusters hadden via de trap aan de tuinzijde een afgeschermde opgang naar de nonnengalerij. Vanaf deze tussenverdieping konden de zusters de mis volgen en begeleiden met hun koorzang, zonder in contact te komen met andere mensen. Het metselwerk ter plaatse van de nonnengalerij is grotendeels nog oorspronkelijk. In de muur grenzend aan de binnenplaats, zijn vijf nissen herkenbaar waar kaarsen voor verlichting zorgden. Kloosters waren zelfvoorzienend, de zusters bakten zelf hun brood en brouwden zelf hun bier. Activiteiten als spinnen, weven en handwerken zorgden voor extra inkomsten.
Na de reformatie vervielen alle kloosterbezittingen met bijbehorende gebouwen en erven aan het stadsbestuur. De meeste gebouwen rond de binnenhof werden bestemd voor scholen. In 1628 werd de kapel ingrijpend verbouwd. Toen is er als het ware een doos in de kapel gebouwd bedoeld als eetzaal van de gecommitteerde raden van West-Friesland en het Noorderkwartier. Vier spitsboog vensters zijn grotendeels dichtgemetseld opdat de muren de plafondconstructie zouden kunnen dragen.
