De Meerburgermolen is een poldermolen uit 1684 en is gebouwd door Claes Jansz. van Staveren en Ary Jacobsz voor 2.175 gulden. De molen stond tot de zomer van 2007 aan de Meerburgerwetering, in de omgeving van de spoorlijn Leiden-Alphen en ten oosten van de A4, ter hoogte van Zoeterwoude-Rijndijk. De molen bemaalde de Room- en Meerburgerpolder van circa 100 hectare met een opvoerhoogte van 1,05 m.
Door de verslechterde molenbiotoop, o.a. door uitbreiding van het industrieterrein bij Zoeterwoude en door de verhoogde aanleg van de snelweg A4, is in 2006 besloten de Meerburgermolen te verplaatsen. In augustus 2007 is de molen van zijn plaats gehaald en naar de werf van molenmaker Verbij in Hoogmade gebracht. Hier stond hij tot september 2013 in afwachting van plaatsing in de Munnikkenpolder. Deze polder moest worden ingericht en aangelegd. De molen is op 12 juli 2014 weer in gebruik genomen.
De molen is voorzien van (gestroomlijnde) Dekkerwieken en heeft een scheprad buiten de molen.
De molen wordt in bedrijf gehouden door vrijwillige molenaars en fungeert samen met de Munnikkenmolen als hulpgemaal bij extreme wateroverlast of als een gemaal tijdelijk niet beschikbaar is.