Forten werden van oorsprong gebouwd op zwakke plekken in de verdedigingslinie. Zo werd Fort Bakkerskil tussen 1877 en 1880 gebouwd om de nabijgelegen Papsluis te beschermen. Deze sluis uit 1815 vormde de verbinding tussen het water van de Bakkerskil en de lager gelegen polders.

Tijdens de mobilisatieperioden 1914-1918 en 1939-1940 bood Fort Bakkerskil onderdak aan bijna honderd soldaten. Uiteindelijk werd hier echter niet gevochten en sinds 1951 is het fort niet meer in gebruik voor militaire doeleinden.

In 2007 werd het fort aangekocht door Brabants Landschap. Om de oude zichtlijnen naar de Papsluis te herstellen werden drie van de vier opslagloodsen gesloopt. Verder werd de oorspronkelijke walstructuur hersteld en is het hoofdgebouw volledig gerestaureerd. Sinds april 2012 heeft het fort een nieuwe bestemming als Bed & Breakfast.