Het Kerkje aan de Zee is eigendom van de Kerkvoogdij van de Hervormde Gemeente Urk, terwijl de toren van het kerkje eigendom is van de gemeente Urk. Het Kerkje aan de Zee is in 1786 herbouwd, voor een bedrag van nog geen circa 6.800,00 euro. De reden van herbouw ligt in het feit dat het kerkje dat dienst deed als bedevaartshuis, in de laatste dagen van zijn bestaan zo bouwvallig was geworden dat het moest worden afgebroken. Ook in de jaren daarvoor moest regelmatig tot her- of nieuwbouw worden overgegaan om het kerkgebouw in stand te houden.

Het is het vermelden waard dat het kerkje, dat omstreeks 1600 gebouwd werd, na ongeveer 30 jaren op een eilandje voor de kust van Urk was komen te liggen. Het was alleen wadend door het water of per bootje te bereiken.

Uit een boven de hoofdingang van het huidige kerkje aanwezige gedenksteen blijkt nog steeds de band die er was met de stad Amsterdam. In het kerkje hangt een model van het schip “Spitsbergen” waarvan de herkomst niet precies is vast te stellen. De oude kroonluchters zijn waarschijnlijk afkomstig van een kerkje, dat meer zuid-westelijker heeft gestaan en door het water van de Zuiderzee werd verzwolgen. Dit is zeer waarschijnlijk omdat de luidklok is gegoten in 1461. In de jaren 1988/1989 is het kerkje voor het laatst gerestaureerd. Toen is tevens het orgel vervangen door een Van Dam orgel (bouwjaar 1906) dat in de Hervormde kerk te Munnekeburen dienst heeft gedaan.