Het klooster van de Kruisbroeders werd opgericht in 1468.

De orde in Franeker werd in 1468 gesticht door de Arumer priester Syardus Watkens. De stad schonk de aan Maria gewijde gasthuiskerk en de grond ten zuiden daarvan. De kapel van het klooster is in de middeleeuwen gebouwd. De kruisheren legden zich toe op wetenschap en de stadhouder van Friesland stelde voor een universiteit aan het klooster te verbinden. Karel V verwierp dit voorstel.

In 1572 viel Franeker in handen van de Geuzen en in 1580 werden de kruisheren uit het klooster verdreven. In 1585 werd de universiteit opgericht.