De Kuiperij staat op het historische Schanseiland, een gebied dat zijn oorsprong vindt in een verdedigingsschans uit de beginjaren van de Tachtigjarige Oorlog. Nadat de schans in 1624 werd opgeheven, groeide het eiland uit tot een centrum van maritieme bedrijvigheid met scheepswerven, teerkokerijen en kuiperijen.

De geschiedenis van dit pand gaat terug tot 1664, zoals te zien is aan de bijzondere houten gevelsteen met het schip De Jonge Piet en de spreuk: ‘De mensch die zeilt zijn koerse wel, die God heeft tot zijn metgezel’.  Tijdens de restauratie van 2003-2004 werd de gevelsteen opnieuw in zijn oorspronkelijke kleuren geschilderd.

In de achttiende eeuw was het pand eigendom van de familie Dirkzwager. Na een brand in 1884 werd op de plaats van eerdere gebouwen het huidige pand gebouwd. De karakteristieke gevel met hijsdeurtjes en vensters herinnert nog altijd aan de oorspronkelijke functie van het gebouw.

In De Kuiperij werden eeuwenlang houten vaten gemaakt voor de haringvisserij. Op de begane grond werkte de kuiper aan de vaten, terwijl de verdiepingen werden gebruikt voor de opslag van de gereedgemaakte haringvaatjes.

De Kuiperij biedt onderdak aan meerdere bedrijven.