De geschiedenis van deze plek is eeuwenoud. Vermoedelijk stond op deze plek al rond 1350 een molen. Deze eerste houten standerdmolen hoorde bij het landgoed Duistervoorde. In 1830 verkocht de toenmalige eigenaar van het landgoed de molen. De molen werd geveild en voor 11.020 gulden werd Jan Havekes de nieuwe eigenaar. Deze Jan Havekes, naar wie de molen vernoemd is, groeide op met het muldersvak. Zijn vader, Lucas Havekes, was al pachter geweest van dezelfde molen.

De huidige korenmolen is gebouwd in 1989 omdat de oude molen te bouwvallig was geworden. In de 20ste eeuw kwam de molen stil te staan vanwege de voortschrijdende industrialisatie. Dankzij de oprichting van de Stichting Behoud Havekes Mölle in 1982 en de hulp van vele vrijwilligers draait de molen sindsdien weer als vanouds.

De molen is te bezichtigen tot op de maalzolder. Bij voldoende wind wordt er graan gemalen. De molenaars, waarvan twee ook instructeur zijn, geven uitleg.