Het museum is gevestigd naast de Catharinakathedraal in het voormalige Catharijneconvent en -gasthuis. De Johannieter kloosterlingen verzorgden al vanaf de 13e eeuw de zieken in het Catharijnegasthuis, maar deze verhuisde pas in de 16e eeuw naar deze locatie. Toen in 1636 de Universiteit Utrecht werd opgericht, werd het gasthuis een academisch ziekenhuis. Tijdens de cholera-epidemieën in de 19e eeuw fungeerde deze locatie als noodhospitaal. In tijden van nood konden mensen zich keren tot deze locatie voor verschillende vormen van zorg en bescherming. Sinds 1979 is hier het Museum Catharijneconvent, het museum voor christelijke kunst en religieus erfgoed.