De huidige toren van de kerk aan de Dorpsstraat werd gebouwd in 1672, tijdens het turbulente Rampjaar waarin de Republiek der Nederlanden ten onder dreigde te gaan. In dat jaar konden de dorpelingen zien hoe in de verte de kerken van Zwammerdam en Bodegraven brandden, terwijl zij zelf een nieuwe kerk bouwden.

Het huidige kerkgebouw, een eenvoudige bakstenen zaalkerk, is gebouwd tegen de uit 1672 stammende achtkantige naaldspitstoren. De hervormde gemeente van Benthuizen gaat verder terug in de tijd. De eerste predikant die de nieuwe leer predikt in het dorp wordt in 1576 genoemd en uit 1592 dateert het harde bewijs uit de bronnen dat het een zelfstandige gemeente was. De gemeente bleef weliswaar decennialang van bescheiden omvang. In 1621 waren er bijvoorbeeld slechts 31 belijdende lidmaten.

Gedurende de achttiende eeuw nam de armenzorg vanuit de kerk een belangrijke plaats in het dorpsleven in. Het aantal bedeelden in Benthuizen was zo groot in het laatste kwart van de achttiende eeuw, dat vanuit de diaconie werd besloten hen een band te laten dragen. In 1802 werd die regel weer afgeschaft. Het interieur bestaat onder andere uit een in de consistoriekamer te bewonderen voorzangerslezenaar uit 1744 en een doopbekkenhouder uit 1710. De hoge herenbanken voor de ambachtsheren naast de toren zijn versierd met stucwerk en er is een balustrade in Lodewijk XIV-vorm. Verder treft men er twee houten deuromlijstingen met frontons uit de zeventiende eeuw. In 1938 werd de kerk vergroot door de bouw van een vleugel aan de noordzijde. Ook het versierde stucplafond is bij de uitbreiding vernieuwd.

De kerktoren is eigendom van de gemeente. Nadat in 2012 de dakconstructie vernieuwd werd, is in 2016 de kerkvloer geheel gerenoveerd. In de kerk bevindt zich een Gabry & Zoon orgel uit 1905. Het orgel heeft 1 klavier met aangehangen pedaal en 9 stemmen, w.v. de mixtuur is gedeeld in bas en discant. De precieze indeling van de registers maakt een breed scala aan muzikale expressie mogelijk. Het orgel wordt gebruikt in de erediensten, maar ook voor concerten. Vormgeving en decoraties van de fraaie orgelkast (begin 20e eeuw) dragen bij aan de esthetische waarde van het instrument en de kerkruimte als geheel.

2026: Er zijn rondleidingen in kerk en toren, orgel-demo’s en bespelingen.