Toen de zaalkerk uit 1845 te klein werd voor de gemeente van Afgescheidenen, werd aan architect/aannemer C. Linzel de opdracht gegund voor het realiseren van een nieuwe, grotere en voornamere kerk.Hij gaf de kerk een kruisvormige plattegrond en een Eclectisch uiterlijk. In 1912 werd naast de kerk een nieuwe pastorie gebouwd; deze is in de jaren tachtig afgebroken. De kerk werd in 1952 aan de achterzijde uitgebreid met een aanbouw waarin vergaderlokalen werden ondergebracht.

In 1980 is de kerk gerestaureerd, waarbij de banken, de kansel en de vloeren onder meer zijn vervangen. Het orgel is in 1886 gebouwd door orgelmaker J. Doornbos voor de Ebbingekerk in Groningen. In 1919 werd dit orgel met front overgebracht naar de kerk in Stadskanaal. Volgens overlevering zou het bovendeel van het front afkomstig zijn van het voormalige Lohman-orgel (1820) van de Hervormde kerk te Noordlaren.

Orgelrestauratie

Tijdens de Open Monumentendag 2026 is er de unieke kans om het grote orgel van dichtbij te bekijken – het wordt namelijk op dit moment gerestaureerd. Het orgel is volledig uit elkaar geweest en alle onderdelen zijn afzonderlijk gerestaureerd. Na de zomer wordt het orgel weer samengevoegd, een klus die de nodige tijd zal kosten. Tijdens de OMD kunt u het orgel dus in de ‘opbouwfase’ bekijken.  Het kan dus niet bespeeld worden, en daarom zullen er diverse kleine stukken gespeeld worden op het zogenaamde kistorgel.