Op deze plek zou al in 1306 een houten kerkje met een rieten dak hebben gestaan. In 1559 werd hier een imposant grote kruiskerk gebouwd. Die kerk werd gewijd aan de heilige Nicolaas omdat er rondom Nieuwveen vrijwel alleen maar water was. Na de reformatie rond 1580 komt de kerk in Gereformeerde handen. Deze kerk raakte begin 19e eeuw in verval.

In 1832 werd de Ontmoetingskerk in gebruik genomen. 25 jaar later werd het Knipscheerorgel geplaatst. Vanwege het bijzondere karakter, eigentijdse klankgeving, de ambachtelijke wijze waarop het is gemaakt en de nagenoeg ongeschonden staat, verkreeg het in 2004 de status van Rijksmonument.