In het jaar 1649 werd de eerste Remonstrantse Kerk in Nieuwkoop gebouwd. Deze kerk, groter dan de tegenwoordige kerk, was gebouwd als een z.g. “schuilkerk” omdat de Remonstrantse Kerk in die tijd verboden was. Daarvoor, vanaf 1619, werden kerkdiensten gehouden in een schuur in Aarlanderveen en in een huis bij de Teuntjesbrug.

De kerk en de pastorie (=kerkenhuis) waren aan elkaar gebouwd. De consistoriekamer (=kerkekamer) was de pastorie. Tussen de tegenwoordige “Kosterij” en de vroegere pastorie stond een huis, vermoedelijk het huis van de koster. De pastorie had een rieten dak en stond aan de straat. In 1906 werd deze pastorie afgebroken en verder van de straat af gebouwd, thans Dorpsstraat 129.

De kerk had een pannendak en een torentje met klok. In 1821 begon men met de bouw van de nieuwe kerk omdat er tekenen van verval waren. Op 1 april 1822 werd de eerste steen gelegd door de zoon van de dominee. De dochter hield een plechtige rede. Toen de kerk in datzelfde jaar in gebruik werd genomen kregen de armen een halve fles wijn. Het huis van de koster werd bij de bouw van de nieuwe kerk afgebroken. In 1862 werd de consistoriekamer gebouwd onder de galerij. Ook de huidige kosterij is afgebroken en herbouwd. In 1922 werd elektriciteit aangelegd en in 1951 vond een grondige restauratie plaats.
In de kerk zijn de namen van alle predikanten op twee borden vermeld.

Het orgel is een zeer oud authentiek orgel. Bouwjaar 1786. Gebouwd door Andries Wolfferts (1751 – 1820) die ook het orgel in de St. Laurenskerk te Rotterdam en in de St. Maartenskerk in Zaltbommel heeft gebouwd.