Nadat in 1796 de wet rond godsdienstvrijheid verruimd was, hebben de Rooms-katholieke inwoners van Houten ervoor gezorgd dat ze weer een eigen kerk kregen. Die kleine kerk is meer dan eens verbeterd en uitgebreid en er kwam zelfs een groot orgel in. Ook werd een eigen begraafplaats aangelegd en die is er nog steeds. Op den duur bleek echter dat de kerk te klein was voor de parochie.
Daarom ontwierp architect Tepe in 1882 een nieuwe kerk met pastorie, in neogotische stijl. Het was de bedoeling om een vrijstaande kerktoren te bouwen, die de concurrentie aan kon met de kerktoren bij de Hervormde Kerk aan de Lobbendijk, maar dat was te duur. Er kwam een andere oplossing die voor Nederland nog steeds redelijk uniek is: de achtkantige toren staat boven de viering, dus bijna midden op het gebouw. In 1885 werd de nieuwe kerk ingewijd en de oude afgebroken. Het orgel moest worden opgeslagen tot de kerk voldoende droog was geworden.
In de loop van de tijd is de versiering in de kerk aangevuld, verwijderd, verplaatst, al naar gelang de mode en behoeften van de tijd. De gebrandschilderde ramen zijn niet allemaal van uit dezelfde periode. De meeste ramen, die nu nog te zien zijn, zijn tussen 1912 en 1916 gemaakt. In enkele ramen kun je een portret van de pastoor en priesters van die tijd vinden. De ramen in het priesterkoor (achter het altaar) zijn van later datum en gaan alle vijf over Maria.
De ramen bij het doopvont en bij het Maria altaar dateren van kort na de Tweede Wereldoorlog, ter gedachtenis van de in Houten geboren Marinus A. van Rooijen. In een van die ramen is hij te herkennen. Hij had samen met zijn pastoor en collega een kritische brief verspreid van de Nederlandse bisschoppen, waarin ze protesteerden tegen een reeks van Duitse maatregelen die de greep van de NSB op het openbare leven versterkten. Als straf voor deze acties zijn zij, maar ook andere priesters gevangen genomen en naar een concentratiekamp gestuurd. De pastoor en Marinus van Rooijen zijn daar omgekomen.
Nog een link met de Tweede Wereldoorlog: Het muurtje, dat tussen de Loerikseweg en de tuin van kerk en pastorie staat, is een restant van het hek dat daar stond tot 1955. De toenmalige pastoor, pastoor Goossens, had ook wegens verzetsdaden gevangen gezeten tijdens de Tweede Wereldoorlog. Toen hij op de pastorie woonde, bleef dit hek hem te veel aan die periode terugdenken: op zijn verzoek werd het verwijderd, op het muurtje na en het stuk naast de Kerksteeg: daar staat het hek nog.
