Gebouwd in neo-gotische stijl (1855) door architect W.G. van Vogelpoel De kerk is in de periode 2014-2017 door vrijwilligers gerestaureerd. Daarbij zijn de 12 pinakels weer teruggeplaatst op de trapgevel en 4 stuks rond de toren. Dit symboliseert de 12 apostelen en de 4 evangelisten.

De kerk heeft een Maarschalkerweerd-orgel uit 1901.

De naastgelegen pastorie is gebouwd in 1908 naar ontwerp van architect Jos Tonnaer ( (1852-1929). Ook de Meerburg kerk te Zoeterwoude en de Michaëlschool te Hazerswoude-dorp zijn door hem ontworpen. Hij was een leerling van architect Pierre Cuypers, de architect van o.a. het Rijksmuseum te Amsterdam. Deze pastorie is gebouwd als vervanger van de oude pastorie die aan de westkant van de Scheepjeskerk stond. In 1963 is de tussenbouw tussen kerk en pastorie gebouwd en in 1969 is aan de oostkant een garage/kantoor ruimte bijgebouwd. Het gebouw diende als huisvesting van de pastoor en kapelaans van de St. Bernardusparochie.

In de jaren rond 1950 waren op de 2^e verdieping enkele klassen van de lagere school gehuisvest. In de pastorie was ook een opleiding voor filosofiestudenten van de orde van Ongeschoeide Karmelieten gehuisvest. Het gebouw is later bekend geworden als “Diepgangcentrum” van waaruit cursussen voor Religieuzen gegeven werden.

Het gebouw heeft neogotische kenmerken wat aansluit bij de bouwstijl van de Scheepjeskerk. Opvallend zijn de gietijzeren hemelwaterafvoeren en het trappenhuis met glas in lood ramen. Aan de voorkant is een grote tuin die tot 1952 omringd was door een 2 m. hoge kloostermuur. De gebrandschilderde ramen zijn gemaakt door atelier F. Nicolas uit Roermond. In mei 2024 is de laatste eredienst gehouden en  augustus 2024 heeft de Stichting Scheepjeskerk het gehele complex overgenomen. De pastorie wordt verbouwd tot appartementen voor werkende jongeren.

Programma 13 september:

Tentoonstelling over architecten:

a. Van Vogelpoel (Scheepjeskerk),

b. Ton Alberts (Het Anker) met o.a. fotoboeken bouw van Het Anker. Rondleidingen in Het Anker zijn om 10 en 11 uur.

c. Jan Dekker (div woningen Hazerswoude) Zie Jan Dekkerroute bij Downloads.