De geschiedenis van de Martinuskerk gaat wellicht terug tot de achtste, begin negende eeuw. Het was Karel de Grote die in 779 de kerkenbouw en parochie-indeling voorschreef. Omdat de heilige Martinus in die tijd bij de Frankische adel in deze streken een bijzondere verering genoot, wordt de kerk toegewijd aan deze heilige.

Feitelijk wordt de Martinuskerk voor het eerst genoemd in een waarschijnlijk vervalste oorkonde gedateerd in het jaar 1062. In 1456 worden de huidige priesterkoren en de eerste drie traveeën voltooid. Deze zijn in de kerk duidelijk te herkennen aan de verschillen van de gewelven vooraan bij het priesterkoor. Door de economische gunstige ontwikkeling van Weert in die tijd, waren de burgers van Weert in staat de kerk steeds meer allure te geven. Op 21 juli 1500 wordt door Jacob II van Horne, heer van Weert, de officiële eerste steen gelegd voor de verdere voltooiing van het nieuwe kerkgebouw. De oude kerk wordt in datzelfde jaar geheel afgebroken, wegens gebrek aan onderhoud. De verschillen tussen de 15de eeuwse en 16de eeuwse bouwfases zijn in de huidige kerk nog goed te zien in de gewelfconstructie (zie elders).

Hoezeer de Weertenaren ook begaan waren met hun monumenten, allerlei rampen bleven ook deze kerk niet bespaard. In 1566 wordt de stad getroffen door de beeldenstorm. Ook de Martinuskerk wordt niet gespaard. Tussen 1559 en 1580 heeft zich wellicht de woeligste periode in de geschiedenis van Weert afgespeeld. Wie de kronieken van de stad leest, zal ervaren dat in deze periode de Weertenaren dachten dat de wereld, en dus ook hun stad, zou vergaan. Aardbevingen, mislukte oogsten en hongersnood werden afgewisseld door pestepidemieën, oorlogen, plundering, roof en moord.

Tegen dit decor speelde zich de hervorming af in Weert. Woelige tijden en politieke twisten duurden voort en ondermijnden het gezag van de kerk. Uiteindelijk keerde door het regelmatige bezoek van bisschop Lindanus aan weert de rust terug. Op 6 maart 1584 wijdt Mgr. Lindanus de kerk en de altaren weer in.