De St-Jan’s Onthoofdingskerk in de Zuidbuurt is een neogotische kerk die tussen 1902 en 1904 werd gebouwd naar een ontwerp van architecten Joseph Cuypers en Jan Stuyt. Bijzonder is de manier waarop de kerk werd gebouwd: een deel van de nieuwe kerk verrees over de bestaande waterstaatskerk uit 1843. Zo konden de parochianen tijdens de bouw gewoon de mis bezoeken. Pas toen het nieuwe kerkdeel in gebruik werd genomen, is de oude kerk afgebroken en werd de nieuwe kerk voltooid. De relatief afgelegen ligging van de kerk is te verklaren door een verbod dat tot 1853 gold op de bouw van rooms-katholieke kerken binnen een straal van 1.200 meter van een protestantse kerk. 

De geschiedenis van de kerk kreeg een ingrijpende wending op 12 juni 1964. Tijdens werkzaamheden aan de dakgoten ontstond brand, waardoor een groot deel van de kerk verloren ging. Bij de herbouw werd besloten slechts een deel van het oorspronkelijke gebouw terug te brengen. Daardoor heeft de kerk nog altijd haar opvallende, ingekorte vorm. Opmerkelijk is dat het hoofdaltaar de brand vrijwel ongeschonden doorstond. Zelfs de bloemen van een huwelijk dat de dag ervoor had plaatsgevonden, bleven behouden. 

Sinds 2018 zorgt een trompe-l’oeil muurschildering achter het altaar voor de optische illusie van het verdwenen priesterkoor. Zo krijgt de oorspronkelijke kerk op een bijzondere manier weer haar oude uitstraling terug. 

In het jaar waarin Zoeterwoude 750 jaar bestaat, vertelt de St-Jan’s Onthoofdingskerk het verhaal van geloof, verbondenheid en veerkracht.