Stadsboerderij De Balijhoeve is gebouwd voor de wereldtuinbouwtentoonstelling Floriade die in de periode april-oktober 1992 in Zoetermeer gehouden is. De Floriade is een internationale tuinbouwtentoonstelling die elke tien jaar in Nederland gehouden wordt, dit jaar in Almere. Een groot deel van het Floriadeterrein is onderdeel geworden van de wijk Rokkeveen, maar het deel waar De Balijhoeve in staat is nog steeds onbebouwd en onderdeel van de oorspronkelijke inrichting van de Floriade.

De Balijhoeve heette in 1992 Stadsboerderij 2000 en was een inzending van de Stichting Kinderboerderijen Nederland (SKBN) die met deze stadsboerderij wilde laten zien hoe kinderboerderijen in de toekomst zouden kunnen functioneren. De Stadsboerderij 2000 werd gepresenteerd als de kinderboerderij nieuwe stijl die beslist niet alleen bedoeld was voor kinderen, maar zeker ook voor volwassenen.

Na de Floriade werd de boerderij op 1 oktober 1993 officieel heropend en kreeg het de huidige naam, genoemd naar het aangrenzend bosgebied De Balij. De doelgroep werd verbreed en men dacht door middel van allerlei activiteiten, zoals informatiebijeenkomsten over allerhande onderwerpen, ook de ouderen te lokken. Deze doelgroep is namelijk ook belangrijk als het gaat om het vrijwilligerswerk dat op de boerderij moet worden gedaan.

In 2022 is De Balijhoeve verbouwd naar een ontwerp van gemeentearchitect Ralph Goutier om nog beter dienst te kunnen doen als sociaal ontmoetingspunt in de wijk. Het hoofdgebouw is gerenoveerd en uitgebreid. Daarnaast kan de kinderboerderij gebruikt gaan worden als bijeenkomstruimte en is er een kleinschalige, maatschappelijk verantwoorde horecavoorziening gekomen.