Dit complex is gebouwd in 1938 in opdracht van Jan Jongerius, een Utrechtse ondernemer die door zijn Amerikaanse contacten in Nederland tankstations opende en een belangrijke autodealer werd. Hij toonde zijn succes met flamboyante architectuur naar eigen ontwerp, met elementen van art deco en Nieuwe Zakelijkheid. In de hal achter de villa werden bussen en vrachtauto’s gebouwd. Villa Jongerius is tijdens de Tweede Wereldoorlog uitgegroeid tot een bijzondere plek van Utrechtse veerkracht. Nadat de Duitse bezetter in 1942 het Jongeriuscomplex vorderde, werden de fabriekshallen ingezet voor onder meer het testen en produceren van vliegtuigmotoren. Toch wisten medewerkers, vaak om te voorkomen dat zij naar Duitsland werden afgevoerd, vanuit de villa en de werkplaatsen vorm te geven aan stil, maar effectief verzet. Zij saboteerden materiaal en organiseerden maar liefst 122 illegale wapen- en munitietransporten; bij het 123e transport kwamen drie personeelsleden om het leven. Ook verloor het terrein twee medewerkers bij een bombardement in 1944. Na de oorlog werd een oorlogsmonument opgericht ter nagedachtenis aan deze vijf omgekomen medewerkers. Het monument is gerestaureerd en ook te bewonderen aan de achterzijde van het voormalig Hoofdkantoor.

Na het faillissement in 1955 werd het terrein overgenomen door het Ministerie van Defensie en raakte het in verval. Sinds 2007 wordt het complex beheerd door de familie Jongerius die zich verenigd heeft in de Stichting Vrienden van het Jongeriuscomplex. De stichting heeft de villa en het kantoor volledig laten restaureren.