De Waterstaatskerk is een Nederlands Hervormde kerk uit ongeveer 1869 en gebouwd in Waterstaatsstijl. Deze kerken werden in de periode 1824-1875 gebouwd met financiële steun van de landelijke overheid, het toenmalige ministerie van Waterstaat.

Het gebouw
Het gebouw kent neoclassicistische kenmerken, zoals de symmetrische vormgeving van de klokkentoren en timpanen. De pastorie naast de kerk stamt uit 1862 en is eclectisch van stijl. Het éénklaviersorgel op het balkon is nog ouder. Deze is vermoedelijk in 1684 gebouwd voor de Waalse kerk in Kampen. In 1897 werd dit orgel in Bovensmilde geplaatst. In 1988 werd het gerestaureerd. Van de 9 registers zijn er 6 nog origineel en 3 gereconstrueerd. Ook heeft het 1 klavier en een aangehangen pedaal. In 2010 heeft de Protestantse Gemeente Bovensmilde om niet het gebouw overgedragen aan het Drents Landschap en enige jaren later ook de pastorie.

Restauratie
Vanaf 2010 is de kerk grootschalig verbouwd om het gebouw een multifunctioneel karakter te geven. Om een goed bruikbare kerkzaal te krijgen is een deel van de kerkbanken verwijderd. Tijdens de renovatie trof men onder de houten vloer een oude plavuizenvloer aan in zeer slechte staat. Een speciaal bedrijf heeft 500 plavuizen in houtovens gereproduceerd. Uniek in zijn soort.
In 2017 is de aangepaste kerk weer in gebruik genomen door de Protestantse Gemeente Bovensmilde en de nieuw opgerichte stichting Cultuurpodium Bovensmilde. Deze organiseert concerten en verhuurt de kerk voor verschillende activiteiten.