Rond 1630 vestigden zich blijvend joden in de garnizoensplaats Nieuweschans. Dit waren meestal passanten uit Duitsland die bleven hangen. In 1813 verwierf de joodse gemeenschap in Nieuweschans de status van een Joodse Gemeente. Behalve Nieuweschans maakten ook de joden in de nu Oost-Friese dorpen Bunde en Stapelmoor er deel van uit. Vanaf het begin van de twintigste eeuw liep het aantal joodse inwoners van Nieuweschans terug. In 1925 is de bouwvallige synagoge dan ook gesloten. Het gebouw werd na de Tweede Wereldoorlog gebruikt als opslagplaats en stal en raakte zo in verval dat sloop werd overwogen. In 1973 is de synagoge door Monumentenzorg gerestaureerd.