De Nieuwe Kerk is het eerste kerkgebouw in de stad Groningen dat speciaal voor de protestantse eredienst is gebouwd. De Martini- en de Der Aa-kerk waren van oorsprong Rooms-Katholiek. Toen de stad uitbreidde na de Tachtigjarige Oorlog en de Reductie van Groningen in 1594, was er behoefte aan een kerkgebouw in de nieuwe Hortusbuurt.

De Nieuwe Kerk werd gezien als opvolger van de Sint Walburgkerk; de naam van het kerkhof was daarom oorspronkelijk het Nieuwe Sint Walburgkerkhof. Dit was jarenlang de begraafplaats buiten de stad waar de pestdoden werden begraven. Dit verklaart ook waarom het Nieuwe Kerkhof iets hoger ligt ten opzichte van de omgeving. De bestaande begraafplaats was overigens geheel ommuurd en telde vier poorten, stammend uit ca. 1620.