Het kerkgebouw is een ontwerp van de Middelburgse stadsbouwmeester Jan de Munck (1687-1768). Jan de Munck werd gevraagd een bestek te schrijven voor een nieuwe kerk. Nadat door het stadsbestuur toestemming was gegeven voor de situering van het nieuwe kerkgebouw en diverse ‘collectereizen’ de benodigde gelden hadden opgebracht, werd tenslotte in 1740 met de bouw begonnen. Naast de kerk bouwde men een pastorie en een wezenschool. Op 20 mei 1742 werd de nieuwe Lutherse Kerk plechtig ingewijd.
In de kerk staat een orgel dat ook al in de eerste kerk aan de Suikerpoort heeft gestaan. In dit kerkje werd in 1707 het orgel geplaatst dat nu het hoofdwerk vormt van het orgel. Johannes Duyschot en zijn zoon Andries wilden de bouw van het orgel op zich nemen. Na de verplaatsing van het orgel naar de nieuwe kerk aan de Zuidsingel werd het door de stadsarchitect Jan de Munck aan zijn nieuwe omgeving aangepast. Het grote beeld van koning David dateert uit die tijd. Beeldhouwer Gerard de Grendel heeft dit vervaardigd, evenals het lofwerk en de fraaie consoles onder de torens van het rugpositief. De Munck heeft kans gezien het Duyschot-orgel van 1706 met een nieuwe preekstoel en liturgisch centrum tot een fraai geheel te combineren.
Sinds juni 2025 heeft de Sint-Augustinuskerk een tweede orgel, dankzij de inzet van Stichting de Rijckere Orgel 1776.
In 1776 bouwden de broers Petrus Josephus en Johannes de Rijckere een orgel voor de Hervormde Kerk te Axel. De 19e eeuw heeft het instrument, op wat herstelwerk na, ongeschonden overleefd. In 1924 werd het instrument overgeplaatst naar de Hervormde Kerk in het Limburgse Beek. In 1965 werd het orgel, vanwege de restauratie van de kerk, gedemonteerd en opgeslagen. In 1983 voerde de firma Fama & Raadgever de herplaatsing en restauratie uit.
Vanwege de sluiting van de kerk in Beek werd het orgel in februari 2022 verkocht aan Stichting De Rijckere-orgel 1776, die het orgel een plaats wilde geven op de achtergalerij van de Sint-Augustinuskerk in Middelburg. De eind 2024 aangevangen restauratie beoogde het oorspronkelijke aanzien en de proporties van het orgelmeubel terug te brengen. De windvoorziening ligt nu achter het orgel en bestaat uit drie, naar historisch voorbeeld nieuw vervaardigde identieke spaanbalgen. Het pijpwerk is schoongemaakt en waar nodig hersteld. De plaatsing van het De Rijckere-orgel in de Sint-Augustinuskerk vond plaats in juni 2025.
Sinds 2013 is dit kerkgebouw in bezit van Parochie Middelburg van de Oud-Katholieke Kerk van Nederland. In 2014 is het gebouw opnieuw ingericht, maar zijn er een aantal Lutherse symbolen behouden gebleven. Op 10 april 2016 is de kerk door Mgr. Joris Vercammen gewijd als Sint-Augustinuskerk.
Meer informatie over de geschiedenis van de kerk en beide orgels kun je vinden op: https://middelburg.oudkatholiek.nl/st-augustinuskerk
