Tijdens restauratiewerkzaamheden in 1970 is duidelijk geworden dat reeds in de 12e eeuw op deze plaats al een kerk heeft gestaan. De huidige kerk is grotendeels gebouwd na de brand in 1482. Aan het begin van de 17e eeuw is de kerk opgeknapt. Eeuwenlang tobde de kerk met verzakkingen, waardoor de toren aanzienlijk uit het lood is gaan staan. In de jaren ’70 van de vorige eeuw is de kerk gerestaureerd naar de situatie van voor de brand van 1482.

Midden in het prachtige en schilderachtige Linschoten staat de Grote kerk, ooit gebouwd als kapel van het kasteel Linschoten. In het torenportaal bevinden zich nog zeer oude muurschilderingen van een eenhoorn (symbool voor Christus) en een Benedictuskruis. De invloedrijke ambachtsheer Strick van Linschoten had er een eigen kerkbank.