De Havenkerk of Sint Johannes de Doper uit 1822/1823, met de Dorische zuilenportiek, valt direct op door de plaatsing in de binnenbocht van de Lange Haven. De kerk was is dan ook een van de eerste katholieke kerkgebouwen die na de Reformatie in Nederland werd gebouwd. De architect Adrianus Tollus maakte het ontwerp in de toen modieuze(neo)classicistische bouwstijl.

Het kerkinterieur werd in de loop van de negentiende eeuw verrijkt met een fraai (neo)barok interieur. De interieurstukken werden besteld bij (internationaal) vermaarde ateliers. De schilder Antonie van IJsendijck maakte de monumentale altaarstukken. Hij was in 1823 winnaar van de Prix de Rome. Van IJsendijck zelf is met zijn gezin te zien op schilderij De Opdracht in de Tempel op het Jozefaltaar. Hij was getrouwd met het nichtje van de donateur van alle schilderijen in de kerk: Cornelis Johannes Nolet. Op dit zelfde altaar is op het tabernakel het tafereel Elias onder de jeneverboom afgebeeld. Dit is een subtiele verwijzing naar de donateurs: de jeneverbranders Wenneker en Meijer.

Al in de jaren zeventig is de kerk aan de katholiek eredienst onttrokken en sinds 2010 is het niet langer in gebruik als kerkgebouw. De Havenkerk is eigendom van BOEi en is in gebruik als evenementenlocatie. De Havenkerk was de centrale locatie waar in 2025 de Landelijke Opening van Open Monumentendag plaats vond. En biedt ook plek voor het Jeneverfestival. Tijdens open monumentendagen 2026 vormt de Havenkerk het decor voor het Zie de Schie Plein, de centrale locatie van Manifestatie Zie de Schie.