De kerk uit 1865 is ontworpen door Pierre Cuypers, die ook het Rijksmuseum en het Centraal Station van Amsterdam heeft ontworpen. Cuypers was echter in de eerste plaats een architect van kerken. Hij ontwierp wel meer dan honderd kerken! De kerk is ontworpen in neogotische stijl en verving een oudere schuilkerk.

In 1862 begon de bouw en in 1865 was het bouwwerk voltooid. In 1865 werd de kerk als Sint-Willibrorduskerk ingewijd, vernoemd naar de eerste bisschop van Utrecht.

Het orgel dat zich in de kerk bevind was oorspronkelijk gebouwd voor de Dominicus kerk in Alkmaar, maar werd in 1985 naar Bodegraven verhuist.

De dichtgemetselde ramen in het koor van de kerk zijn een overblijfsel van een brand in 1972 waarbij alleen de muren overeind zijn blijven staan.