De Wilhelminakerk dankt haar naam aan Koningin Wilhelmina, wier inhuldiging precies gelijk liep met het slaan van de eerste paal op 6 september 1898. Het ontwerp van de kerk is geïnspireerd door de ideeën over liturgie en kerkbouw van theoloog Abraham Kuyper. Door hem kreeg de kerk een ronde vorm waarbij de gelovigen rondom het liturgisch centrum zitten. Het orgelfront dateert uit het begin van de achttiende eeuw en is afkomstig uit de voormalige oud-katholieke schuilkerk in de Wijngaardstraat. Het werd in 1842 geplaatst in de kerk van de afgescheidenen in het Kromhout en verhuisde in 1900 mee naar de Wilhelminakerk.

Het orgel werd in 1920 vervangen door een pneumatisch instrument. Het aantal zitplaatsen in de kerk werd in 1922 aanzienlijk uitgebreid met de bouw van een galerij. De gebrandschilderde ramen met de thema’s schepping en herschepping zijn in 1949 vervaardigd door de Dordtse glazenier Wim Korteweg. Hij ontwierp ook ‘de Zaaier’ in het roosvenster boven de ingang (1953).

Een ingrijpende modernisering van het interieur vond plaats in 1967-1968, gevolgd door een restauratie en renovatie in 2001. In 2005 werd achter het historische front opnieuw een ander orgel geplaatst: het Bakker & Timmenga-orgel (1906) uit de voormalige Duyststraatkerk in Rotterdam-Delfshaven. Omdat enkele parochianen een rol speelden in het verzet in de Tweede Wereldoorlog, stond de Wilhelminakerk na deze oorlog bekend als de verzetskerk.